De regreso a España comenzará a tocar en el Metro de Madrid y en el Parque del Retiro, pasando luego a bares y cafés como el mítico Libertad 8, donde coincidirá con otros cantautores como Pedro Guerra.

En 1994 graba su primer disco, que contará con la colaboración de artistas como Ana Belén, Víctor Manuel, Luis Pastor, Pedro Guerra o Rogelio Botanz. Canciones como La Edad del Porvenir o Uno - Dos - Tres - Cuatro, lo catapultarán a la fama. También grabará una versión de Las casas de cartón, tema del cantautor venezolano Alí Primera.

En 1999, su disco Tres, donde experimenta con sonidos electrónicos y letras más "radicales", sufrirá la censura por parte de las principales radios musicales. Tras la edición, tiene una serie de problemas con la casa discográfica EMI-Chrysalis (a la cual criticaba en una de las canciones del disco) por lo que rompe con ella. Su siguiente disco lo editará con DRO; se trata de Grandes éxitos, álbum que, a pesar de su título, no es un recopilatorio, sino versiones de temas de otros artistas.

Dos años más tarde publicó su disco Tiempodespacio, el quinto de su carrera. Ya en 2005 publicó un doble disco llamado Plan Be.

En 2009 publica Guerrero Álvarez, un disco en colaboración con el cantautor extremeño Pablo Guerrero, en el que Javier musica poemas del veterano cantante.